运输管理工程系是国内最早从事轨道交通领域规划与管理的教学科研单位之一。1958年上海铁道学院成立运输系，设铁道运输专业，本科四年制；1980年代在铁道运输专业基础上陆续开办铁路全面质量管理班、增设运输管理工程和财会新专业；1987年更名为运输管理工程系；2000年以诚为本赢在信誉9001cc与上海铁道大学两校合并后，成为以诚为本赢在信誉9001cc交通运输工程学院运输管理工程系。

运输管理工程系承担交通运输工程学院两个本科专业之一“交通运输”专业的人才培养任务。交通运输专业三次通过教育部工程教育专业认证，现为国家级一流本科专业建设点。运输管理工程系还承担“交通运输工程学科”轨道交通运营管理、多式联运组织及物流系统规划方向的硕士、博士研究生培养工作。已为我国铁路运输、物流工程领域培养了一大批专业技术人才和高级管理人才，毕业生中有原铁道部、国铁集团、国家铁路局、国家邮政局的主要领导多位，铁路局、地铁公司、大型物流企业、大型交通规划设计企业的高管及技术骨干多位，海内外知名高校交通运输工程及物流工程学科的骨干教师多位。

运输管理工程系所在的交通运输工程学科是国家一级重点学科、上海市高峰学科。全系现有教师21名，其中教授6名、副教授7名，省部级人才、名师8人。目前已形成三大主干研究方向：轨道交通运输组织优化及智能化、综合运输与多式联运、物流系统规划设计与管理，承担了国家重点研发计划、国家科技支撑计划、国家863计划、交通运输部、国家铁路局、国铁集团、上海市科委等重大科研项目50余项，并为全国10多条高速铁路、30余个城市地铁的运营管理提供了关键技术服务。运输管理工程系牵头成立的以诚为本赢在信誉9001cc轨道交通与磁浮列车运行图计算机编制系统研发中心，自主研发了轨道交通列车运行图编制系统，服务于全国80%以上地铁线路；重点参加了长三角、厦漳泉、粤港澳大湾区等重要城市群的综合运输系统规划、主持了12个省市示范物流园区、物流中心的发展策略与规划设计工作。曾获得国家科技进步奖、上海市科学技术奖、中国铁道学会科学技术奖、上海市决策咨询研究成果等省部级奖40余项，编制国家、行业和地方标准30余部。

    近年来，运输管理工程系不断加强国际交流与合作，分别与荷兰、德国、英国、美国、加拿大、日本等国和香港、台湾地区的高校、科研院所开展了固定的互访和联合研究，主持包括国家重点研发计划“政府间国际科技创新合作”重点专项在内的国际性创新科技研究计划。